1. 郭建华等. 基于结构的网络数据统计分析. 国家自然科学基金项目(资助金额：236万元). 执行时间：2017-01-01至2021-12-31.
2. 刘秉辉,郝立柱,金丽娜,郝立丽,官国宇,高志根,袁超凤. 基于结构信息和多平台数据的机器学习方法研究. 国家自然科学基金面上项目(资助金额：59万元). 执行时间：2016-01-01至2019-12-01.
3. 郝立柱,刘秉辉,朱文圣,黄伟,王晓飞,刘荣,张衡,郭建华. 基于国家自然科学基金成果海量数据的统计学方法研究. 国家自然科学基金专项基金(资助金额：18万元). 执行时间：2015-09-01至2016-08-01.
4. 马文卿,杜宁,黄伟,刘秉辉.  大肠息肉癌变诊断中形态学的统计分析. 国家自然科学基金委员会(资助金额：8.0万元). 执行时间：2011-01-01至2013-12-01.
5. 朱文圣,黄伟,金丽娜,刘秉辉,王晓飞,肖健,李少亭. 多维表型变量遗传数据的统计分析方法. 国家自然科学基金委员会(资助金额：16万元). 执行时间：2011-01-01至2013-12-01.
6. 刘秉辉. 互联网化人才培训方案设计及培训. 企事业单位委托项目(资助金额：120万元). 立项时间：2018-07-17.

1. 刘秉辉,吴冲,沈晓彤,潘伟. A novel and efficient algorithm for de novo discovery of mutated driver pathways in cancer. ANNALS OF APPLIED STATISTICS(11卷3期1481-1512页). 2017-09-01.
2. 冯龙,刘秉辉. High-dimensional rank tests for sphericity. J MULTIVARIATE ANAL(155卷217-233页). 2017-03-01.
3. 刘秉辉,沈晓彤,潘伟. Nonlinear joint latent variable models and integrative tumor subtype discovery. STATISTICAL ANALYSIS AND DATA MINING. 2016-04-01.
4. 刘秉辉,沈晓彤,潘伟. Integrative and regularized principal component analysis of multiple sources of data. STAT MED. 2016-01-01.
5. 刘秉辉,郭建华. Collapsibility of Conditional Graphical Models. SCAND J STAT. 2013-06-01.
6. 刘秉辉,郭建华,JingB.Y.. A note on minimal d-separation trees for structural learning. ARTIF INTELL. 2010-04-01.